La CENH a été instituée en 27 avril 1998 par décision du Conseil fédéral, sur la base de l'article 57 de la loi sur l'organisation du gouvernement et de l'administration et de l'article 11 de l'ordonnance sur les commissions.

Avec l'entrée en vigueur le 1^er janvier 2004 de la loi du 21 mars 2003 sur le génie génétique, la CENH dispose avec l'article 23 d'une nouvelle base légale pour son mandat.

Avec la décision de 15 décembre 2014 (en allemand) le Conseil fédéral a remplacé sa décision d'avril 1998.

• Ordonnance sur l'utilisation des organismes en milieu confiné (Ordonnance sur l'utilisation confinée, OUC) - article 15
• Ordonnance sur l'utilisation d'organismes dans l'environnement (Ordonnance sur la dissémination dans l'environnement, ODE) - article 18, 19 et 23
• Ordonnance relative aux brevets d'invention (Ordonnance sur les brevets, OBI) - article 83