La CENH est mandatée pour suivre et évaluer du point de vue éthique les développements et les applications de la biotechnologie et du génie génétique dans le domaine non humain. Son mandat couvre l'ensemble des applications de la biotechnologie et du génie génétique portant sur des animaux, des plantes et d'autres organismes, ainsi que leurs effets sur l'homme et l'environnement.

Le mandat de la CENH comprend principalement trois tâches :

1. elle conseille, du point de vue éthique, le Conseil fédéral et les autorités fédérales au stade de l'élaboration de la législation relative à la biotechnologie dans le domaine non humain et soumet des propositions en vue de l'élaboration de la législation future;
2. elle conseille les autorités fédérales et cantonales en matière d'exécution des dispositions du droit fédéral;
3. elle informe le public sur les questions et les thèmes qu'elle traite et encourage le dialogue sur l'utilité et les risques de ces technologies.