La CENU valuta "domande d'autorizzazione o progetti di ricerca che rivestono un'importanza fondamentale o hanno un carattere esemplare" come previsto dalla legge sull'ingegneria genetica e dalla decisione istitutiva del Consiglio federale. Il suo compito consiste nell'analizzare e nel valutare gli obiettivi e le conseguenze delle azioni umane con organismi geneticamente modificati e di prestare una consulenza di carattere etico alle autorità nelle loro attività esecutive e legislative.

Le prime emissioni di organismi geneticamente modificati sono avvenute in Svizzera nel 1991 e nel 1992 in occasione di un esperimento dell'Istituto federale di ricerca di Changins. All'epoca, la legge sull'ingegneria genetica non era ancora in vigore e non esistevano disposizioni corrispondenti all'interno della legge sulla protezione dell'ambiente.  

A una prima richiesta di autorizzazione per l'emissione di mais transgenico la CENU ha espresso parere negativo poiché, secondo le sue valutazioni, gli eventuali benefici economici non erano in grado di compensare le perplessità sul piano sociale ed ecologico (in tedesco e francese):

In una presa di posizione del maggio 2000 la CENU ha tuttavia rigettato espressamente un divieto legislativo delle emissioni di organismi geneticamente modificati e si è pronunciata a favore di una moratoria relativa alle emissioni commerciali. Per le emissioni sperimentali rilevanti ai fini della ricerca ha raccomandato l'adozione di una severa procedura d'autorizzazione (in tedesco e francese):

Una domanda relativa all'emissione sperimentale di grano resistente ai funghi patogeni del Politecnico federale di Zurigo è stata soggetta a una valutazione molto controversa. La maggioranza dei membri della Commissione nell'aprile del 2001 giunse alla conclusione che da un punto di vista etico niente impediva l'esecuzione della sperimentazione, a condizione che fossero rispettate determinate condizioni (in tedesco):

In prima istanza la domanda è stata rigettata dall'autorità di autorizzazione, mentre gli organi di ricorso hanno richiesto una nuova valutazione. In questa seconda procedura la maggioranza della Commissione ha ritenuto insufficienti gli obiettivi e la qualità dell'esperimento e ha raccomandato di rigettare la domanda, anche perché non erano state soddisfatte le richieste espresse nella prima presa di posizione (in tedesco):

Nel luglio 2007 la CENU ha valutato tre domande del Politecnico federale e dell'Università di Zurigo concernenti emissioni sperimentali di cereali geneticamente modificati (in tedesco e francese):

Dopo l'entrata in vigore della nuova legge sull'ingegneria genetica (01.01.2004), è ora in fase di revisione l'ordinanza sull'emissione deliberata nell'ambiente che riguarda l'utilizzazione di organismi geneticamente modificati. La CENU è coinvolta in questo processo di revisione in qualità di commissione consultiva e ha preso posizione su diverse versioni dell'avamprogetto nell'ambito dell'indagine conoscitiva e delle consultazioni interne all'amministrazione.