Nella valutazione di derrate alimentari e di alimenti per animali da OGM si esamina se un prodotto geneticamente modificato è altrettanto sicuro o meno sicuro rispetto al corrispettivo originario ("equivalenza sostanziale"). Per quanto riguarda le derrate alimentari, inoltre, la libertà di scelta dei consumatori assume un ruolo centrale dal punto di vista etico. 

Una delle maggiori difficoltà nella valutazione delle derrate alimentari e degli alimenti per animali secondo il metodo dell'equivalenza sostanziale consiste nel fatto che i rischi di lungo periodo dei prodotti derivanti da OGM vengono trascurati. In queste situazioni di incertezza deve essere applicato il principio della precauzione. Per motivi legati alla protezione dagli inganni i prodotti derivanti da OGM devono essere dichiarati come tali. Inoltre, per garantire la libertà di scelta, i consumatori devono poter sempre acquistare prodotti privi di OGM.