Dans l'évaluation des denrées alimentaires et des aliments pour animaux issus d'organismes génétiquement modifiés (OGM), on examine si un produit génétiquement modifié est aussi sûr ou présente le même niveau de risque à la consommation que le produit conventionnel correspondant (notion d'"équivalence substantielle"). De plus, s'agissant des denrées alimentaires, la liberté de choix des consommateurs joue un rôle déterminant.

Une des difficultés centrales dans l'évaluation des denrées alimentaires et aliments pour animaux  selon la méthode de l'équivalence substantielle consiste dans le fait que les risques à long terme des produits génétiquement modifiés ne sont pas pris en considération. En cas d'incertitude ou en l'absence de connaissances, il convient par conséquent d'appliquer le principe de précaution. Pour garantir la protection contre la tromperie, les produits génétiquement modifiés devraient être désignés comme tels («déclaration»). Par ailleurs, il conviendrait de garantir la liberté de choix de telle sorte que les consommateurs aient  en tout temps la possibilité d'acheter des produits non génétiquement modifiés.